Z gnojenjem se rastlinam zagotovi hranila za rast in razvoj. Kmetje imajo na voljo mineralna in organska gnojila. Stroka daje pri svetovanju glede gnojenja prednost rabi organskih gnojil, ki ohranjajo ali povečujejo tudi delež humusa v tleh. Prednostna raba živinskih gnojil izhaja tudi iz spodbujanja kroženja hranil na kmetiji (rastline, tla, živali) in predstavlja temelj trajnostnega kmetovanja.

Uporaba gnojil naj bo uravnotežena, v skladu s potrebami rastline. Pri odmerjanju katere koli vrste gnojil moramo biti pazljivi. Posevki na primer porabijo le 15–30 % fosforja in okoli 50 % dušika iz gnojil. Zato moramo vedeti koliko gnojila dodati, da bo vsebnost hranil v tleh je optimalna. V kolikor bomo v tla dodali premajhno količino hranil, bodo rastline slabše uspevale in ne bodo proizvedle želenih donosov. Na drugi strani pa, če je gnojenje pretirano in tlom dodamo preveč hranil, lahko npr. nekatere zelenjavne rastline odženejo prehitro, posledično pa ne cvetijo ali začnejo cveteti pozno in skromno (npr. paradižnik), medtem ko začnejo druge rastline zaostajati v rasti in veneti (znano kot ožig listov) ali propadati.

Gnojenje ima – vsaj v okviru sedanjega načina oz. doktrine kmetovanja – po mnenju stroke največji vpliv na količino in kakovost pridelka ter pomeni osnovo za ohranjanje trajne rodovitnosti tal, a je hkrati lahko – če je pretirano – problematično za okolje, predvsem za podzemno vodo, ki je največji vir naše pitne vode.

Preveč gnojenja je ekološko zelo sporno saj:

• zmanjšuje organsko snov v tleh, kar povzroči zakisanost tal, slabšo strukturo tal, erozije tal, slabšo infiltracijo in sposobnost zadrževanja vode.
• osiromaši zemljo osnovnih hranil, kar ima za posledico manjšo vsebnost vitaminov in mineralov, ki so ključnega pomena za zdravje rastlin in
• nenazadnje vodi do izpustov škodljivih toplogrednih plinov v ozračje in izpiranja presežka hranil v vodne ekosisteme (podtalnica, reke, jezera in tudi oceani).

Koreninski sistem rastlin vsrka dušik v mineralni obliki iz talne raztopine. Ob pomoči energije, ki jo rastline dobijo s fotosintezo, se dušik vgradi v rastlinske
beljakovine, ki so vir aminokislin za ljudi in živali. V kolikor količine mineralnega dušika v tleh presegajo potrebe rastlin, se poveča nevarnost izpiranja dušikovih spojin v podtalnico. Ker gre predvsem za izpiranje dušika v nitratni obliki, govorimo o onesnaženju podtalnice z nitrati.

Toplogredni plini so plini, ki zadržujejo toploto v ozračju, podobno kot streha rastlinjaka zadržuje toploto, da zaščiti rastline, ki rastejo v njej, pred hladnim vremenom in zmrzaljo. Toplogredni plini so eden glavnih dejavnikov, ki pospešujejo globalno segrevanje. Dušikov oksid ima potencial segrevanja približno 300-krat večji od najpogosteje omenjenega toplogrednega plina, ogljikovega dioksida (CO₂).

V vodnih poteh se presežek zunanjih hranil imenuje evtrofikacija. To je sprememba statusa hranil v okolju, ki jo povzročijo presežene ravni hranil (dušika ali fosforja), ki vstopajo v vodne ekosisteme. Presežek hranil v vodi spodbuja rast mikroorganizmov, alg in rastlin, enako kot pri gnojenju tal. Hitra rast mikroorganizmov in vodnih rastlin lahko porabi ves kisik v teh vodnih poteh in jih spremeni v tako imenovane mrtve cone (množični pogini rib). Evtrofikacija lahko povzroči tudi rast vrst alg, ki proizvajajo strupene kemikalije – škodljivo cvetenje alg. Cianobakterije in alge v vodo sproščajo škodljive kemikalije – toksine. Ob stiku s tako vodo lahko zbolijo tako živali kot tudi ljudje. In nazadnje, vode onesnažene z nitrati, smrdijo in so neprijetne na pogled.

Človeška dejavnost je pogosto vzrok za previsoke ravni hranil v tleh, vključno s prekomernim gnojenjem ali prekomerno uporabo komposta, gnoja ali drugih organskih materialov. Vse pogosteje testi tal pokažejo previsoke vrednosti hranil, saj se gnoji »na pamet«. Če želimo ohraniti tla zdrava in njih pridelati zdravo, polnovredno in kakovostno hrano, je precizno kmetijstvo prava smer.